Ochronę gatunkową w Nadleśnictwie Krzeszowice dzielimy na dwie grupy: ochronę zwierząt i ochronę roślin.

Ochrona gatunkowa zwierząt

Według Programu Ochrony Przyrody dla Nadleśnictwa Krzeszowice stwierdzono na tym terenie występowanie 189 gatunków chronionych zwierząt kręgowych, w tym: 14 płazów, 7 gadów, 134 ptaków i 33 ssaków.

W wyniku inwentaryzacji przyrodniczej przeprowadzonej przez Lasy Państwowe w latach 2006-2007 na gruntach Nadleśnictwa Krzeszowice stwierdzono występowanie w leśnictwie Brodła poczwarówki zwężonej, oraz charakteryzujące się ciekawą biologią modraszki: telejus i nausitous. Dodatkowo zinwentaryzowano w Leśnictwie Dubie cztery gatunki nietoperzy: nocka dużego, mopka, podkowca małego i nocka orzęsionego. Wynikiem inwentaryzacji są także rozpoznane stanowiska traszki grzebieniastej w Leśnictwie Tenczynek, w Leśnictwie Alwernia oraz w Leśnictwie Brodła.

Ochrona gatunkowa roślin

Według Programu Ochrony Przyrody dla Nadleśnictwa Krzeszowice, na terenie Nadleśnictwa występuje 95 gatunków roślin chronionych. Spośród tych roślin 82 podlega ochronie ścisłej, a 13 ochronie częściowej. Na omawianym obszarze stwierdzono występowanie 20 roślin naczyniowych, które znalazły się w „Polskiej Czerwonej Księdze Roślin", w tym: pięciu gatunków krytycznie zagrożonych, pięciu gatunków zagrożonych wyginięciem, ośmiu gatunków narażonych, dwa gatunki niższego ryzyka. Szczególnie cenne jest stanowisko zarazy goryczelowej Orobanche picridis umieszczonej w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin z kategorią EN (zagrożony wyginięciem), stwierdzonej w rezerwacie przyrody Wąwóz Bolechowicki.