Celem sieci Natura 2000 jest zachowanie zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych, gatunków roślin i zwierząt oraz zachowanie typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących siedlisk przyrodniczych, charakterystycznych dla regionów biogeograficznych. W zasięgu terytorialnym działania Nadleśnictwa Krzeszowice wyznaczono 9 obszarów Natura 2000, z czego 5 jest częściowo zlokalizowanych na gruntach Lasów Państwowych.

Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO)

Dolina Dolnej Skawy (PLB120005) - powierzchnia 7 081,70 ha, (tylko w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa, poza powierzchnią Lasów Państwowych). Obszar ten obejmuje największe kompleksy stawów w dolinie górnej Wisły. Stawy położone są ze wszystkich stron miasta Zator. W ostoi występuje co najmniej 16 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 6 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK).

Obszary o znaczeniu wspólnotowym (OZW)

Dolinki Jurajskie (PLH120005) - powierzchnia ogólna 886,51 ha, w tym na gruntach  Nadleśnictwa 593,92 ha. Na teren ostoi składa się 11 enklaw, dobrze zachowanych pod względem przyrodniczym. Obejmują one obszar wyżynny, zbudowany z wapieni górnojurajskich, pokrytych warstwą lessu z wciętymi dolinami potoków, o charakterze skalistych jarów krasowych. Występują w nich liczne jaskinie. Obszar o wysokiej bioróżnorodności. Stwierdzono tu występowanie 10 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Najcenniejsze są murawy kserotermiczne, płaty buczyn, grądów i sporadycznie jaworzyn. Notowano tu obecność 8 gatunków z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Występuje tu stanowisko nocka dużego.

Czerna (PLH120034) - powierzchnia ogólna 76,39 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 32,44 ha. Obszar obejmuje klasztor w Czernej, na terenie ostoi stwierdzono 3 gatunki nietoperzy z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Jest to rzadki przypadek kolonii rozrodczej podkowca małego w obiekcie podziemnym (piwnica). Podstawowym celem ochrony jest utrzymanie obecnych liczebności populacji podkowca małego, powierzchni i jakości żerowisk, tras przelotu, a także utrzymanie warunków zapewniających możliwość trwałego wykorzystywania schronienia przez nietoperze.

Krzeszowice (PLH120044) - powierzchnia ogólna 39,83 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 0,08 ha – obszar obejmuje on kościół pw. Św. Marcina Biskupa w Krzeszowicach wraz z sąsiadującymi terenami zielonymi. Obszar jest miejscem bardzo intensywnego żerowania nietoperzy. Podstawowym celem ochrony jest utrzymanie obecnych liczebności populacji nocka orzęsionego.

Rudno (PLH120058) - powierzchnia ogólna 72,37 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 6,35 ha - w granicach obszaru znajdują się głównie siedliska nieleśne w tym łąki trzęślicowe z kosaćcem syberyjskim Iris sibirica i goryczką wąskolistną Gentiana pneumonanthe oraz związaną z nimi fauną bezkręgowców w tym modraszki. Część doliny zajmują zbiorniki wodne - stanowisko poczwarówki zwężonej oraz bobra.

Dolina Sanki (PLH120059) - powierzchnia ogólna 22,46 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 0,13 ha - Obszar obejmuje wąski pas łąk i pastwisk przylegających do Sanki. Wśród nich zdarzają się płaty łąk trzęślicowych, oraz bardziej podmokłe płaty, na których rosną turzyce bądź trzcina. Są one siedliskiem poczwarówki zwężonej.

Rudniańskie Modraszki - Kajasówka (PLH120077) - powierzchnia ogólna 447,24 ha, (poza gruntami Lasów Państwowych) – obszar objęty ochroną ze względu na występowanie na łąkach świeżych i wilgotnych tego obszaru motyli Maculinea teleius i M. nausithous. Ponadto na łąkach tych występuje Lycaena helle, a w Rezerwacie Kajasówka (północna część obszaru) znajduje się stanowisko Minois dryas - motyla bardzo rzadkiego, zagrożonego wyginięciem na terenie Polski.

Wiśliska (PLH120084) – powierzchnia ogólna 48,68 ha, (poza gruntami Lasów Państwowych) – obejmuje starorzecza Wisły. Cel ochrony: zbiorowiska roślin bagiennych (pasy szuwarów) oraz zbiorowiska roślin wodnych, obszar jest również niezwykle cenny dla ochrony ptaków oraz płazów.

Dolina Prądnika (PLH120004) – powierzchnia ogólna 1865,59 ha, (poza gruntami Lasów Państwowych) - obszar obejmuje głębokie doliny Prądnika i Sąspówki wraz z falistą wierzchowiną usianą rozproszonymi ostańcami, będącymi typowymi elementami krajobrazu Jury Krakowsko-Częstochowskiej, liczne jaskinie. Obszar ważny dla zachowania bioróżnorodności. Występuje tu wiele rzadkich i zagrożonych oraz podlegających prawnej ochronie gatunków roślin naczyniowych i zwierząt. Łącznie notowano tu występowanie 13 gatunków z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Stwierdzono też obecność 13 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, szczególnie dobrze zachowały się typowo wykształcone płaty buczyn i jaworzyn.