Na gruntach Nadleśnictwa Krzeszowice znajduje się 31 pomników przyrody ożywionej: 16 szt. Buków zwyczajnych, 7 szt. Dębów szypułkowych, 6 szt. Lip drobnolistnych oraz Lipa szerokolistna i Wiąz szypułkowy.

Drzewa objęto ochroną pomnikową ze względu na wyróżniający je wiek
i rozmiary na terenie Leśnictw:

Brodła – Dąb szypułkowy (Wołowice gm. Czernichów),

Dubie - Buk zwyczajny (Dębnik, gm. Krzeszowice),

Tenczynek – Lipa drobnolistna (1 szt. Tenczynek, gm. Krzeszowice), Lipa szerokolistna  (1szt.Tenczynek, gm. Krzeszowice), Dąb szypułkowy (5 szt. Tenczynek, gm. Krzeszowice),

Kopce - Wiąz szypułkowy (Tenczynek, gm. Krzeszowice), Buk zwyczajny (3 szt. Tenczynek, gm. Krzeszowice), Buk zwyczajny (Nawojowa Góra, gm. Krzeszowice), Buk zwyczajny ( 4 szt. Frywałd, gm. Krzeszowice), Buk zwyczajny (Nielepice, gm. Zabierzów),

Zabierzów – Dąb Szypułkowy (Aleksandrowice, gm. Zabierzów), Lipa drobnolistana (5 szt. Burów, gm. Zabierzów), Buk zwyczajny ( 6 szt. Kleszczów, gm. Zabierzów).

W Nadleśnictwie są również cztery pomniki przyrody nieożywionej - Jaskinia Wierzchowska Górna położona jest we wsi Wierzchowie, w Dolinie Kluczwody. Jest to największa jaskinia na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej, ma 975 m długości – pomnik przyrody utworzony Rozporządzeniem Wojewody Krakowskiego Nr 3 z dnia 3.01.1997 r. – zlokalizowana w leśnictwie Zabierzów, gmina Wielka Wieś. W jaskini są liczne formy naciekowe, krasowe, tj. filary, słupy, kominy, szczeliny. W korytarzu Niedźwiedzie Jamy jest jedyne znane stanowisko w Polsce szlifów niedźwiedzi. W jaskini są ślady człowieka prehistorycznego i kości zwierząt jaskiniowych oraz liczna ciekawa fauna nietoperzy. Jest to najdłuższa wytyczona turystyczna trasa jaskiniowa w Polsce. Jaskinia jest udostępniana do zwiedzania na długości 370 m – czas zwiedzania około 1h. Drugim pomnikiem jest Skałka "Nad Jackiem" w oddziale 239 g leśnictwa Zabierzów (Nr aktu powołującego - rozp. nr 14/02 Wojewody Małopolskiego z dnia 31 stycznia 2002 r.). Trzecim jest jaskinia „Uroczysko Kryspinów” w oddz. 237i Leśnictwa Zabierzów (Nr aktu powołującego – Zarz. Nr 29/87 Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 09.06.1987 r. w sprawie uznania za pomniki przyrody). Czwartym jest „Skałka” w oddz. 92-i Leśnictwa Dubie (Nr aktu powołującego - Decyzja Rol.IX-3/48/63 Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie z dnia 07.10.1963 roku uznanie za pomnik przyrody).